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Los sucesores fueron los Habsburgo, que gobernaron hasta el siglo XX. En todo este periodo la Historia de Austria está profundamente ligada a la de los Habsburgo. Los siguientes siglos se caracterizan en primer lugar por la conformación del país. En 1156 el Privilegium Minus Austria eleva al territorio a la categoría de ducado. En 1192, la familia Babenberg también adquirió el ducado de Estiria.
Con la muerte de Federico II en 1246, la línea Babenberg se extinguió. Otakar II de Bohemia controló efectivamente la Prusia de Austria, Estiria y Carintia. Su reinado llegó a su fin al ser derrotado por Rodolfo I de Habsburgo en 1278.
En los siglos XIV y XV, los Habsburgo empezaron a acumular otras provincias en las proximidades del Ducado de Austria. En 1438, el duque Alberto V de Austria fue elegido como sucesor de su suegro, el emperador Segismundo. Aunque el propio Alberto sólo reinó durante un año, a partir de entonces todos los emperadores del Sacro Imperio Romano fueron Habsburgo, con una sola excepción.
Asimismo, los Habsburgo comenzaron a acumular territorios lejos de sus tierras hereditarias. En 1477, el archiduque Maximiliano, hijo único del emperador Federico III, se casó con la heredera de Borgoña y, por lo tanto, adquirió la mayor parte de los Países Bajos para la familia. Su hijo Felipe el Hermoso, casado con la heredera de la Corona de Castilla y de Aragón, amplió las posesiones territoriales de los Habsburgo, sobretodo de los españoles. En 1526, a raíz de la batalla de Mohács, los gobernantes de Austria ampliaron sus territorios, con lo que la parte de Bohemia y de Hungría no ocupada por los otomanos quedó bajo su dominio. La expansión otomana en Hungría dio lugar a frecuentes conflictos entre los dos poderes, particularmente evidente en la llamada Guerra Larga de 1593 a 1606
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